坚持四个指导思想

　　坚定不移地坚持“两个一流”的发展目标，始终贯彻“两个遵循”的办学思想
　　合并后，学校首先意识到的是一份更重的历史责任和共同使命。学校明确提出了“建设两个一流”（一流大学，一流医学院）的共同发展目标。努力用共同的事业、共同的价值取向、共同的发展目标将校本部和医学院的师生员工紧紧团结在一起，同心同德，统筹发展。同时，明确提出“两个遵循”，即：遵循医学院办学规律，遵循综合性大学格局下医学发展规律。
　　两年来，按照“建设两个一流、遵循两个规律”的指导思想，我们主要把握了两个基本发展原则，一是保持医、教、研体系的相对完整性和医学教育理论与实践的完整性，附属医院全部归口医学院管理，使得医学院发展得到保证。二是加强开放性和交互性。促进学校与医学院文化的相互包容、学科的相互交叉、教学科研的相互支撑、学生学习生活的相互交流等。
　　
高举发展大旗，从战略的高度来谋划学科发展，以发展凝聚人心
　　学校牢牢把握发展为第一要务。合并后的医学院按照985高校的标准，根据创建一流医学院的要求，重新制定并完善“十一五”发展规划。从战略性、整体性、前瞻性、突破性的高度来谋划新的发展。进一步明确发展思路、细化建设目标、强化战略举措，构建保障体系。
　　把生命医学学科作为学校发展的重中之重。整合校内外资源，超常规建设，力争使之快速进入国际前沿。如成立了系统生物医学研究院、干细胞研究所、数字医学研究院等，为现代医学发展打下良好基础。这些前沿领域的重大突破，将会对国家和上海市的科学发展和健康事业产生深远影响，也必将成为交大和医学院未来最有代表性的亮点之一。
　　积极推动医学与其他学科的交叉融合。合并后，交大形成了医工结合的强大优势。为进一步推动学科交叉工作，我们两次举办大型的“医工结合”教授沙龙，推动不同学科教授之间的交流与沟通，发现并培育了一批医工结合的重大科研合作项目，对促进医工、医理等的进一步交叉融合，起到了很好的示范效应。
　　同时，在学校党委常委会、党委全委扩大会、教代会、校领导班子工作研讨会、学校干部大会等各种会议上，我们通过各种形式，运用多种载体反复宣传，努力把“一切有利于医学院发展的事情就坚决推进，全力支持”的思路贯彻落实在各项工作中，真正以发展的成效来凝聚人心。
一切从实际出发，先易后难，扎实推进
　　2006年，完成了“两课”资源的整合，今年将完成所有通识教育课程资源的融合。目前正在对校区布局、干部交流、部分招生专业调整、附属医院资源整合等进行深入系统研究。充分发挥“后发优势”，努力做到看清楚，想明白，成熟一件做一件，不急功近利，不急于求成。如在校区布局上，在闵行校区预留400亩土地，为医学院未来发展留出充分的空间。在药学、生物医学工程等学科上，没有匆忙进行整合，而是想通过自下而上充分的沟通，在更高的起点上整合与改造，使之快速融入国际学科发展的主流和前沿，获得跨越式发展。近期，学校成立了医工结合推进办公室，就是想进一步加强谋划与协调，把推进融合的工作落到实处。
　　
医学院的发展就是交大的发展，调整原有存量，做好医学院增量
　　两年来，学校在自身资源非常有限的情况下，克服各种困难，尽最大努力，调整存量，做好增量，确保医学院的快速、健康、持续发展。
　　一是在985二期投入总量没有增加的情况下，调整985建设方案，用超过1/3的平台建设经费，增设3个与医学学科相关的平台，并积极争取到国家和上海的支持，保证了新的平台有较大的投入。
　　二是在学校整体控制研究生招生规模、招生总量没有增加的情况下，减少其他学科招生数量，扩大医学院研究生招生数量。（原二医大2005年招收硕士研究生为438名，其中国家计划内264名。2006年，医学院招收硕士研究生612名，其中国家计划内501名，硕士生招生总量扩大了40%，国家计划内指标翻了一倍。原二医大2005年招收博士研究生228名，2006年招收博士研究生323名，博士生招生总量扩大了42%。）
　　三是调整学校房产资源，积极支持医学院发展。学校明确，闵行校区投资6000万元、新建的1.5万平方米文选医学大楼由医学院整体调配；同时，正在筹建系统生物医学大楼（面积达2万平方米，总投资为1亿元）。为支持数字医学（Med-X）研究院建设，拟在徐汇校区提供数千平方米的房产资源。
　　此外，还积极从教育部争取到1000万元的修购费（2005年和2006年各500万）戴帽下达医学院。等等。